De kirkelige domstole var egentlig biskoppernes domstole, men domsmyndigheden kunne være uddelegeret til andre gejstlige.
De kirkelige domstole var værneting for alle gejstlige, og lovgrundlaget var kanonisk ret, i sager om fast ejendom dog landskabslovene. Disse domstole skulle i princippet behandle alle sager mod gejstlige og sager mod verdslige for overtrædelse af kirkerettens bestemmelser.
Derudover kunne de kirkelige domstole også behandle sager indenfor den frivillige retspleje (jurisdictio voluntaria). I sager om fast ejendom foretrak selv de gejstlige dog i udpræget grad at lade sagerne behandle ved de verdslige domstole eller det kongelige retterting. Ikke desto mindre er de bevarede dokumenter fra de kirkelige domstole vedrørende fast ejendom vigtige kilder til ejendoms og besiddelsesforholdene i middelalderen.
